debe de ser solo en algunos terminales... si rooteais y probais otro custom kernel seguramente no os ocurra, ya que seguramente ahí esté el problema... puede estar configurado para que cuando se esté cargando reciba un voltaje distinto, o trabaje a unas frecuencias inferiores para que la carga sea más rápida y de ahí esos fallos, aunk a mí nunca m ocurrieron ni con stock rom ni con cocinadas... puedo usarlo perfectamente mientras carga.
Tambien con setcpu (y siendo root claro) podeis crear un perfil "on charge" para que trabaje a las frecuencias normales, y en modo ondemand. Y lo mismo se soluciona, no lo sé.