Muy buen razonamiento... Yo digo que SI. Sé perfectamente que la actualización sobrescribiendo lo anterior, no debería dar problemas, ya esta todo calculado y tal...
Pero cada cual tiene sus manías, y la mía es precisamente la de instalar sistemas de forma totalmente limpia, algo que nunca falla, pues no hay ninguna posibilidad de "conflicto" con algo anterior, y ya no digamos en un terminal o sistema muy usado y petado de apps, etc.
Yo personalmente opto por eso, aunque como digo son mis manías, así que igualmente recomendaría actualizar normalmente y si acaso, hacer antes y después una limpieza a fondo y de cache, con eso todo debería ir bien.