Play Store actualiza por la cara todo cuando se resetea el sistema entero aún inhabilitar las apps de Google.
En su defecto ve a Play Store, selecciona que no actualice de modo automático como viene por defecto y reinicia antes de que actualice algo.
Una vez hecho el reinicio, inhabilita todo lo de Google y no tirará Play Store de buscar sus apps.
Cuando otros programas ajenos a Google necesiten actualizarse, te saldrá notificación de actualización y ya tú decides al haber configurado Play Store que las actualizaciones sean manuales.
A mi no me da problemas de esta manera [emoji106]