Buenas, pues creo que no existe servidor FTP para windows mobile, pero si existe cliente.
Te instalas el software cliente en el PDA
http://handheld.softpedia.com/get/In...ent-8221.shtml
Y te buscas un servidor de FTP para tu PC (hay muchosy los hay gratis).
Ofreces el servicio de FTP en tu PC y con el PDA te conectas a el, ya puedes hacer la transferencia de ficheros via wifi PDA <--> PC.
No te voy a explicar como se hace ya que tienes a:
http://www.sangoogle.com/
Donde existen millones de tutoriales que lo explican.