Así es como hice yo la partición de mi SD con una rom con base Cyanogenmod (la de jrsoft):
Todas las aplicaciones que haya en la memoria externa se vuelven a colocar en la memoria interna.
Desde Ajustes Cyanogen/Aplicaciones se elige que se instalen de forma automática.
Se hace una copia de la SD en el PC porque se va a formatear.
Desde el recovery de Amon Ra se selecciona Particionar SD.
Se va dando a estos valores a medida que vayan saliendo:
swap 0, ext2 528 (puedes dar más pero no hace falta), fat32 resto de la sd.
Luego se pone ext2 to ext3
Acto seguido, ext3 to ext4
La SD ya está particionada.
Se metes la copia salvada de la SD en la propia SD.
Se reinicia.
Con la aplicación gratuita del market S2E se pincha a todo lo que aparece visible y desde Ajustes se pincha en la casilla que pone ext4
Se reinicias el móvil y la cantidad de memoria disponible aumenta considerablemente.
Saludos,
MacGuffin.