Pues si que es raro, te se habrá quedado una mezcla de las dos, lo que no entiendo es porque al hacer instalación limpia no te arranca, sobre lo de decompilar yo utilizo apktool, el proceso es más complicadillo pero las pocass veces que he utilizado apkmanager lo hice como te dije y ningún problema, bueno si ya chuta ya está bien.
