Es un Problema tipico en cyanogen. A algunas personas, bastabtes, cyanogen no les sienta bien.
Lee los hilos de cyanogen aqui en htcmania y en xda. Hay muchas opciones que puedes probar. La primera que yo te recomendaria es subir un poco los voltajes de tu rom. El metodo dependera de del kernel que tengas puesto. Busca en los foros correspondientes como hacerlo.
Suerte! A mi me gusta cyanogen, pero nunca consegui que me fuera bien.
Si no te apetece trastear, busca alguna otra rom que sea mas estable. Hay varias para elegir y varios hilos donde hablan de roms y comparartivas.