Sobre el apkmanager os dejo esta pagina:
http://4ndroid.com/modificar-aplicac...k-manager-4-9
explica para que sirve cada opcion.
Yo uso 22, para elegir apk, 1 para decompilar, susbtituir imagenes que queremos substituir y 3 para volver a compilar, te pregunta si es de sistema o no, le das a 1 si es de sistema y listo, ya tienes la apk con nombre unsigned*
mas extenso aqui:
http://www.roms.htcmania.com/showthread.php?t=187181