No soy experto apenas llevo unos dias en miui ....
El adm de tareas esta en ajustes / programas / gestor de aplicaciones
En cuestion de las aplicaciones es por el launcher que es tipo iphone...puedes crear carpetas y e irlas ordenando a tu gusto es lo ke yo hago o cambiar de launcher ......
Lo de lo tonos no se si pueda directamente en miui pero yo desde hace tiempo en las roms stock y ahora en miui uso la app ringo pro
Lo de crear temas no se mucho pero en la opcion de temas en la parte de abajo dice perzonalizar y ahi puedes usar partes de varios temas.....
Y lo de actualizar ahi no se si se pierdan datos porke tambien soy primeriso en las roms miui .....pero supongo ke si porke si no mal recuerdo en las instruc... que pone el amigo dano dice ke hay ke hacer wipe ......
Lo que puedes hacer es un backup con la aplicacion que viene en la rom miui donde creo copia datos de configuraciones del sistema......