Jejejeje. Bienvenido, y felicidades por tu nueva "Galáctica de chichinabo" jejeejeje.
Bueno, te aconsejo que primero rootees el terminal. Tienes la tira de tutos para rootear por aquí (Pista: SuperOneClick)
Luego, en lugar del SystemApp Remover, familiarizate con el Titanium Backup, ya que luego te servirá para hacer copias de seguridad de tus apps antes de flashear.
Correcto, los archivos *.apk son "instaladores" de aplicaciones, y se instalan con la APK en la SD, los buscas con "Mis Archivos", les das, y ya se instalará.