No tienes que hacer wipe data cada vez que actualices. Tu problema creo que viene porque has actualizado por OTA con el TWRP instalado, y MIUI que ha encriptado la memoria, a su vez que elimino el TWRP.

La primera vez que se instala el recovery TWRP tienes que hacer un format data.
Cuando salta una actualización tienes que haces la instalación con el zip completo de esta nueva rom por TWRP con los wipes: Dalvik/ART Cache y Cache. Luego flasheas la Rom y una vez acabe inicias en el sistema. Despues de vez que esta todo correcto, accedes de nuevo al TWRP e instalas Magisk para ser de nuevo root.

Parchear el boot.img para mi solo lo haría en dispositivos que no tienen disponible recovery TWRP.