Yo lo he solucionado haciendo root otra vez con el SuperOneClick. Primero he pulsado "Unroot", por si acaso, y luego he seguido el proceso normal de rooteo.
Aquí dejo el tutorial que he seguido:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=228979
Obviamente solo hay que hacer la parte del SuperOneClick, no hace falta hacer otra vez S-Off ni flashear el recovery. No se tarda más de cinco minutos.