Yo al rootear no he tenido ningún problema, supongo que lo hiciste instalando un archivo zip en CWM cierto??
Esas tres aplicaciones que nombraste no es recomendable que las instales si no mas bien antes debes pegarlas en la carpeta de aplicaciones del sistema y darle un permiso para que funcionen correctamente.
Si tienes la aplicacion Root Explorer primero copia esas tres aplicaciones, entras a la carpeta principal "System", luego busca la carpeta "app" y pegas los archivos dentro, ahora a cada archivo debes darle los respectivos permisos en este orden. Una vez hecho esto reinicia el movil
X X O
X O O
X O O
X= activo O=inactivo
Saludos!!