Hola, respondo a tu pregunta.
1º Inicia tu cuenta de Skype.
2º En el menú de arriba selecciona Llamar/Configuración de audio.
3º Se te abrirá una nueva ventana.
4º Haz clic en Alertas de Sonido.
5º Cambia el tono de llamada o importa otro que te guste con extensión .wav
6º Haz clic en guardar.
*Para cambiar el formato de audio de un archivo puedes usar un programa como audacity.
Espero haberte ayudado.