Hola:
Yo acabo de pasar por esto hace poco.
1. Da igual!
2. no pierdes nada, pero puede ser que no funcione correctamente tu rom con el rooteo.
3. Si instálate una ya!!!, respecto a las app, puees... DEBES hacer una copia de seguridad con titanium o mybackup de todo lo que necesites de la desi (durante la copia puedes seleccionar que programas, datos, sms... te creara apk que luego instalas y quedan como antes!) intenta hacer la copia de tus datos antes de hacer nada.
4. no, pero si te decides a poner una rom que necesite de ext3/4, lo perderas todo, haz una copia de la sd al pc y luego lo dejas como estaba y listo!
5. te recomiendo leer muchos tutos del foro y hacer S-off y root. Por lo que veo te gusta sense y tienes suficiente con lo que trae el telefono, hay una rom que es "Official OTA Desire Sense Gingerbread v1.2 -GB 2.3.3" del maestro NeoPhyTe, que como su nombre indica es la ultima pero rooteada y con el ap2sd+, al principio parece que se cuelga y es un poco inestable pero despues de unas horas y de pasarle algun programa que arregle los permisos de archivos, va muy bien!
Hay un tuto que explica paso a paso como hacerlo y esta muy actualizado: "Noticia S-Off y más de forma revolucionaria"
Suerte y cuidado!