No. No es raro. Es sólo que descargaste un Gbwhatsapp que no era la actualización del tuyo, y se te instaló otro creando sus propias carpetas, evidentemente vacías. De Gbwhatsapp hay tres opciones Gbwha+ , Gbwhatsapp y Gbwhatsapp3.
La única diferencia entre la verde (Gbwhatsapp), la azul oscura (Gbwhaplus) y la azul clara(Gbwhatsapp 3) es el packagename de cada una. La azul oscura es com.whatsapp, es decir, el mismo packagename que el WhatsApp oficial y por tanto, utiliza las carpetas de éste. Es por ello que la versión azul es la única que restaura directamente copias de seguridad LOCALES (ningún mod hace ni restaura la copia Drive) de conversaciones, hechas en el WhatsApp oficial. Además, suele ser la única versión compatible con servicios de terceros como por ejemplo, los asistentes de voz. La verde es com.gbwhatsapp y la azul clara es com.gbwhatsapp3 y crea sus propias carpetas al instalarse (en la memoria interna la carpeta que aparecerá se llamará Gbwhatsapp o Gbwhatsapp3), por lo tanto no usan las de Whatsapp oficial y no reconocerán las copias de conversaciones a no ser que se renombren carpetas o se copie la carpeta Database de una a la otra. Están hechas así para poder tener tres WhatsApp con distintos números de teléfono en un mismo móvil.