No hace falta tener deep flash, si tienes el boot desbloqueado simplemente usa el comando
fastboot oem edl y tendrás el móvil en modo edl, detectado como qualcomm 9008 diagnostic y en el mi flash te lo va a detectar como COM1, COM2,COM3... Depende del puerto usb.
Selecciona la opción clean all y procede con el flasheo, al finalizar mantén pulsado el botón de encendido hasta que aparezca el logo Mi
Aquí tienes la última versión de Miflash si es que no estas usando la última:
http://api.en.miui.com/url/MiFlashTool
Un saludo, compañero.