No sé si alguien lo habrá comentado ya, pero para los que estáis como estaba yo, con problemas con Runkeeper, Endomondo y demás...
En mi caso la solución ha sido utilizar winamp en lugar del reproductor que viene por defecto en el móvil. No sé como ni por qué pero ha sido hacer esto y funcionar...espero que os sirva.
Un saludo!