A veces las restauraciones implican grandes descargas de datos e información, y en ocasiones éstos servicios pueden quedarse "colgados" o se puede perder información en la descarga, lo cual puede generar problemas a la larga aunque todo parezca que se haya restaurado bien. También es común que se haya quedado algún proceso por ahí trabajando cuando no debería o que no pudo ser cerrado exitosamente.
Otra explicación puede ser que la restauración anterior no se haya completado correctamente en el servidor, y cuando descargas esa información, ya viene corrupta y por ende causará problemas.
Finalmente, las conexiones no son 100% estables todo el tiempo, y no es sorpresa que puedan llegar a perderse "paquetes" en esas transferencias, lo cual puede producir un comportamiento erróneo. A lo mejor en ese momento la red se cayó unos milisegundos y esto puede dar pie a que la restauración sea incorrecta.
Puede haber muchas explicaciones, incluso poniendo tu cuenta de Google en un equipo nuevo puedes tener problemas por alguna razón desconocida, y pasado un tiempo vuelve a funcionar.
Para nosotros los usuarios es una caja negra en donde no sabemos qué está ocurriendo, así que es difícil mencionar solo una explicación cuando puede haber muchas.