Buenas, expongo la solución por si a alguien le pasa lo mismo.
Efectivamente no tiene nada que ver con NOVA, con el launcher de MIUI pasaba exactamente lo mismo.
El problema era la «copia de seguridad automática». Además de llenarme la memoria en tiempo récord resulta que me jodía los widgets. Fue quitarlo y funcionar todo perfectamente.
