En el twrp hay una opción para que no te cambie el recovery al flashear. No recuerdo exactamente cual era pero me suena algo de incremental OTA update o algo así. Prueba a cambiar esa opción si usas twrp y vuelve a flashear a ver si te lo sustituye...
Otra cosa, has mirado en los foros de xiaomi por si lo tienen colgado igual que las rom?
