Lo segundo es algo basico, si no haces una instalacion limpia las aplicaciones no iran como deben de ir ya que estaran configuradas tal y como las dejaste para el anterior firmware pero funcionando con el nuevo, eso hara que unas vayan bien pero otras, la gran mayoria, no estaran optimizadas y te producira como poco lag.
Es como te dije al principio algo basico, desde siempre, no de ahora. Eso si, si por comodidad no queremos volver a reinstalar todo de nuevo, perfecto, pero no nos quejemos luego.
Te invito a que hagas un instalacion limpia, veras la diferencia.
Saludos.