El problema es que muchos confundís un porcentaje aproximado con una medida exacta. Puede darse el caso que una batería al 100% marque ese 97% y el caso contrario como que una batería esté realmente al 97% y marque el 100%. Una desviación de un 5% es común y entra dentro de parámetros aceptables.
Por otro lado, el móvil sólo tiene un mes de uso y aunque no es lo más común también entra dentro de lo posible y no tan extraño que la batería aún no este ni calibrada ni estabilizada, dos meses sería el tiempo máximo.
Yo no me preocuparía en exceso y más si en Apple te han dicho que está bien. No obstante estaría vigilante por si acaso se desmanda en exceso, aún te quedan meses de garantía para protestar más adelante si la batería estuviese en mal estado aunque por lo que cuentas parece estar todo correcto.
Y repetid todos conmigo: El porcentaje en una batería es sólo indicativo y no una medida exacta.