Pues yo lo único que he he hecho es wipe data, cache y dalvik cache. Luego he flasheado gaaps y lo he reiniciado directamente sin hacer nada más. Después del primer reinicio ya he rooteado.
Si has rooteado sin reiniciar o has flasheado las gaaps después del primer reinicio podría ser por uno de estos 2 motivos.
Si vienes de una rom anterior a PIE además de los wipes debes formatear la memoria interna (la opción en la que para confirmar tienes que escribir "yes")