A partir de las roms que incluyen GPU Turbo ya no se puede hacer repwck, únicamente se puede usar el lock pero obviamente no va a quedar como de fabrica el celular.
Como tu mismo dices te puedes saltar el repack y únicamente después de acabar para que no te este apareciendo el mensaje del bootloader abierto pued ejecutas el lock, se formatea y ya no aparece lo del bootloader, en si queda cerrado pero no queda como fabrica.