No tratandose de una aplicación oficial del propio banco, sino que actua como capa intermedia entre varios bancos, vete tu a saber si de forma oficial o emulando el protocolo de comunicación de cada una de las webs de los distintos bancos, yo no me fiaría. Pero tu eres libre de hacer lo que quieras.
Yo hablaría con tu banco a ver si esa aplicación tiene "Soporte Oficial" de Bancaja o no, y si no saben/no contestan yo no la instalaría. Pero repito que tu eres libre de hacer lo que quieras.