Para las actualizaciones no hace falta hacer wipe, aunque si es aconsejable almenos wipe cache y dalvik wipe. Que no borran nada de lo que comentas.
De hecho el wipe factory, tampoco borra las fotos, musica,... que tengas en la memoria, aunque si te borra las app (para eso esta el titanium).
Las archivos tipo fotos y demas, solo se borrarían formateando la tarjeta.
Y si, ya se ha comentado anteriormente
