Por si a alguien le llega a pasar lo mismo, dejo aquí el tutorial que me ha servido para solucionar mi problema.
Después de leer mucho y probar muchas cosas diferentes, lo único que me ha funcionado es lo siguiente, he podido recuperar los IMEI de mi teléfono con este tutorial, un poco complicado pero ha resultado.
http://en.miui.com/thread-1901536-1-1.html