Pero si llevas instalanda una de las ultimas nightly builds, la 7.1 es como unos 3 meses mas antigua.
Te cuanto como lo hago yo, copio la rom en formato zip a la raiz de la SD (sin descomprimir) y me meto en el recovery, que yo uso el de amon-ra (nose si en el de clockword mod sera igual) y elijo la opcion de flashear zip desde la SD y ya está, despues lo reinicias, yo no hago wipe de nada, si los flasheos son entre Cyanogen no hace falta. Despues ya puedes borrar el zip de la SD
Para flashear las google apps es igual, copias el archivo sin descomprimir a la raiz de la SD y lo flasheas con el recovery.
En el tema de de las particiones ext no estoy muy puesto, yo no llevo ninguna y cuando instalo cualquier cosa o se me instala directamente en la SD o despues de instalar me deja moverlo a la sd, con lo cual me ocupa muy poco las apps en la memoria interna.