Yo estoy parecido, si no me equivoco, el problema es que esa instalación es temporal. Tras instalar el twrp ejecuta el comando fastboot boot twrp.img y entrará en el twrp hasta que reinicies el tlfno. Luego volverá al normal.
Yo tengo el problema que una vez hecho esto no me aparecen las carpetas que tengo en la memoria del tlfno y por eso no puedo flashear la nueva room.
Si alguien sabe que debo hacer que me ayude please.