A mi me ha pasado que realizando la copia desde rom manager también me la guarda en la memoria interna mientras que cuando lo hago directamente entrando en el clockworkmod recovery me la guarda en la externa.
Lo de "No SD-ext found..." no te preocupes, es por si tienes una particion ext hecha en la tarjeta SD para instalar las aplicaciones ahi en vez de en la memoria interna. Cosa poco necesaria dada la cantidad de memoria que trae para instalar aplicaciones. No te preocupes por el mensaje ^^
Saludos!