Te cuento lo que yo hago...
En el market hay un programa gratuito llamado "Quick system Info", es una app fija para mi porque ademas de informarte de un monton de cosas de tu telefono tambien te da la posibilidad de hacer copia de seguridad de las aplis que tengas instaladas y te las separa segun si son aplis que venían con la ROM (system) o instaladas por ti (usuario), otra cosa que me gusta es que te las guarda con su numero de versión, bueno pues una vez que has echo copia de las aplicaciones te las guarda creo recordar en la ruta sdcard/backup/user...
Ahora cojes el archivo de la ROM que vayas a flashear y lo abres, (click dos veces) dentro veras una carpeta llamad
system y dentro de esta otra llamada
app, dentro de esta estan todas las aplicaciones que lleva la ROM, puedes meter ahí las aplicaciones de las que hiciste copia de seguridad con la precaucion de que no esten ya dentro de la ROM (con otro nombre) porque podrías crear conflictos y que no te arranque la ROM (y viene las historias de quitar batería o reiniciar desde ADB), tambien puedes quitar aplicaciones que no quieras de esa carpet pero cuidado con lo que quitas.
Hay otras ROMs que llevan una carpeta llamada Sdcard con apliaciones que se instalan en el primer reinicio con ROM nueva, vigila que tampoco tengan alguna de tus aplicaciones repetida para no tener problemas (el caso de esta versión de ma MIUI).
Yo creo que aquí cada uno se lo monta de una manera diferente
Saludos.
