En esto no te puedo ayudar mucho ya que suelo cambiarlo en cada aplicación pero creo que con el wahtsapp que viene ya con sus configuraciones propias y no puedes cambiarlo desde cyano, ponle el color desde la aplicación en la que se pueda y en la que solo tenga un color o lo puedas desactivar desde la misma app, lo desactivas y configuras desde cyano, hace unos dias en el hilo de la rom de jroft comentaron que usaban una apli para configurar los colores de led para cada apli, supongo que la que trae cyano no es gran cosa, prueba lo primero que te he comentado aunque sea un poco mas incomodo...
Un saludo.
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