Al hacerla copia de la SD antigua, ¿la hiciste con un corta/pega? Si es así lo más seguro es que solo copiases la partición de datos, pero no la del sistema (no estoy muy enterado del tema pero creo que sería una EXT).
Con lo del Market que ya te aparezcan instaladas yo también tuve problemas al hacer cambios de ROM. Al intentar instalar las aplis en la nueva ROM alguna vez no me dejó. Al final se arregló, pero no se como. Puedes probar a borrar los datos del market desde los ajustes de Android (Ajustes > Aplicaciones > Administrar Aplicaciones). De todas formas, lo mejor que puedes hacer ya que has perdido las aplis es reinstalar la ROM de cero sin backups ni nada y te quitas de problemas. También puedes aprovechar y probar otras.
Un saludo.