Me ha pasado...lo que pasa es que hay dos tipos de encriptacion, uno el de android y otro el de qualcom(o eso leí en xda) y uno de ellos no se llega a restaurar y da como jodida la partición system. En mi caso fue diferente, todo funcionaba, pero no podía hacer cambios en system, así que formatee y mejor no hacer backups, aunque luego pensé, y si formateo y restauro solo la system desde el twrp? Yo estoy en la 7.1
Yo ahora me ahorro en salud y se lo que toco y los módulos los extraigo los archivos y los meto solos y si da algún bootloop restauro desde el gestor de archivos del recvoery dándole permisos y mano de santo