Juegan en ligas distintas, ambos son muy buenos móviles... Yo tengo el Mi5S y a día de hoy es el mejor teléfono que he tenido, una verdadera delicia. Le he puesto la GCam y hace unas fotazas de escándalo. Como te han comentado más arriba, las únicas pegas quizás son la ausencia de banda 800 y la batería (a mí me aguanta el día entero si no le doy excesiva caña, y sino siempre llevo una powerbank encima).
El Mi A1 lo tiene mi suegra y también es un señor smartphone, está encantada con él, y envidio mucho que lleve Android puro

(ojo, me encanta MIUI, pero donde esté Andoid puro sin capas de personalización...).
En definitiva, YO optaría por el Mi 5S, lo veo bastante superior en todo salvo pequeñísimos detalles...
Un saludo!