El que no te salgan los programas podria ser porque estaban instalados en la memoria y borrastes dicha memoria MicroSD.
Esta claro que se instalan en la MicroSD pero si deja un link en el telefono (tal como haria el App2SD por ejemplo), y es por eso que tu ves el programa instalado pero no accesible pues se ha borrado la MicroSD que tenia el contenido realmente.
Vamos que lo mismo me estoy equivocando, pero parece lo mas logico que yo veo sin tener tu telefono en mi mano.
Ahora ya lo raro viene cuando dices que no te deja desinstalarlos, jejeje ahi si tiene mas pinta de que la backup esta mal o parece estarlo.
La solucion yo creo que seria restaurar el telefono y punto, lo has probado?.
Y sino pues prueba a instalar los programas de nuevo.