No veo donde está el problema.
El GPS es un receptor (de la señal de los satélites) y no un transmisor, con lo cual no puede interferir en los sistemas del avión.
Eso sí te gasta más batería.
Es como decir que mi reloj de pulsera que se sincroniza con la señal de radio y no lo puedo apagar. Que pasará en un avión, pues nada de nada.
Me preocupan más los mantenimientos aeronáuticos.