Para grabar el boot.img en la flash tienes que usar el siguiente comando en la consola del teléfono (suponiendo que el boot.img está en la SD):
'flash_image boot /sdcard/boot.img'
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Usando adb desde el PC sería:
'adb push boot.img /sdcard/' // Copia boot.img en la SD
'adb shell flash_image boot /sdcard/boot.img' // Graba el boot.img
---------------------------------------------------------------------------------------------------
Si quieres modificar un update.zip puedes hacerlo, pero después tendrás que firmarlo para que no de error:
http://www.londatiga.net/it/how-to-sign-apk-zip-files