Eso es completamente normal, la ROM te vuelve a instalar todas las app y tienes que volver a litelizarla. Me suena haber leído que había una manera, editando uno de los ficheros de la ROM dentro del META-INF/google o algo así, podías elegir qué apps instalar, pero no recuerdo cómo.
A ver si algún compañero nos ayuda.
Un saludo, Leo.-
