Bueno, al fin lo arregle. Fue algo tan... tan estupido que ni yo mismo me lo creo. Despues de probar y porbar y recontraprobar todo los metodos e instalarle una ROM 100% Stock, se me ocurrio hacerle los wipes pero desde el recovery original y bum! Volvio a la normalidad la memoria perdia ¿Que paso? No tengo ni la mas minima idea pero ya estan de vuelta los mas de 4gb que tenia.
Lo comento por si alguien alguna vez vuelve a tener el mismo problema.