Hola,
creo que hay programas que te pueden hacer una imagen (clon exacto, tipo el ghost con los HDD de los PCs) de la SD. No recuerdo ahora cual, pero seguro que san google ayuda. Yo haría lo siguiente:
Clon (imagen) de la SD4Gb guardado en el PC
Clon (imagen) de la SD6Gb guardado en el PC
Formateo con SDformater de las dos SDs
Intercambiar las imágenes de las SDs con ese programa SD4Gb<->SD6Gb.
Ese es el proceso que hago cuando intercambio HDDs en los PCs, supongo que sería lo mismo con las SDs...
En este enlace tienes un pequeño tutorial para clonar SDs:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=172931
Ojo, yo no lo he probado.
Saludos.