Yo los usaba hace tiempo pero por diferente motivo. Si llamas a una escena (o tarea) de Tasker desde dentro de JS y en un momento dado quieras pedir algún dato la ejecución (de JS) continua inmediatamente, no espera a que finalice la escena, por lo que este método (prompt/confirm) era la única manera. Al final los reemplacé con una tarea completa + escena en lugar de solo JS, a modo de introducción de datos más visual.
Una cosa, el primer ejemplo que has puesto se pueden simplificar un poco:
Código:
if(confirm("Pulsa el botón que quieras"))
alert("Has pulsado aceptar");
else
alert("Has pulsado cancelar");
Y relacionado con esto (un poco) me pregunto si sería posible crear desde el JS de Tasker escenas completas (aunque sea bastante más complicado), añadiendo por ejemplo listboxes y cosas así, al igual que se puede en Lightning Launcher, que también tiene soporte JS. Si es posible podría estar bien para escenas simples sin tener que salir del código y permitiendo adaptar mejor la resolución a diferentes dispositivos, como indicas.