Obvio.
Has modificado el terminal y ahora te va mal. No se hacen cargo.
Pongamos un ejemplo drástico: Vamos a intentar renovar el teléfono: Rooteo el terminal, cambio kernel, me pongo una app de ajuste de CPU y subo voltajes y/o frecuencias a tope, se me quema el teléfono y lo mando a garantía. O algo relacionado con tu problema: Eliminamos la limitación de brillo de la pantalla y la subimos aún más provocando que esta se queme con más facilidad (se puede hacer con root).
Por cosas como esas (y no tan drásticas) los fabricantes anulan garantía cuando rooteamos o flasheamos por nuestra cuenta los terminales. Yo creo que es bastante comprensible, cada cual tiene que atenerse a sus consecuencias. Yo personalmente no le encuentro sentido ya a rootear.
La garantía te cubre defectos de fabricación de un artículo que se usa atendiendo a los requisitos/recomendaciones del fabricante.