Lo de las aplicaciones, en realidad nunca me habia preguntado como regresarlas al telefono, así que no sé =/ Respecto a lo del sistema rfs (hablando de odín y algún stock firmware) no es necesario transformarlo, pero yo siempre lo hago de todas maneras, para ahorrarme problemas, así que te recomiendo hacer el cambio igual para evitarse un mal rato.
Saludos