Eso ya a gusto de cada uno pero yo soy de los que actualizan siempre con solo wipe caché y si no falla ni hace nada raro, para qué complicarse reinstalando todo? siempre hay tiempo para eso y yo lo hago si no tuviera más remedio por lo que ello implica
Te digo lo mismo que al compañero pero sí aún así quieres dejarlo limpio, después de actualizar habría que hacer wipe cache, dalvik cache y data(o lo que viene siendo siendo el "factory reset" del TWRP), y sería suficiente, si quieres borrar además la memoria interna entonces ya sí tendrías que marcarla desde "avanced wipe" junto con las 3 anteriores, NUNCA SYSTEM salvo que tengas mano la rom para flashearla justo después porque te quedas sin sistema