El imei está en las particiones EFS. Hay alguna app en la Store que permite hacer un backup de las EFS sin ser root.
Si eres root y tienes twpr se hace un backup de las EFS originales, recomendado antes de empezar a usar custom roms, por lo que pueda pasar.
Respecto a lo último que dices, en un dual sim los imeis son los mismos, no se entiende lo que quieres decir con eso de intercambiarlos.