Bien,volvió a funcionar.
Flasheé de nuevo la rom stokc.
Usé el SP_MTD que viene con la stockc rom en vez de la última versión de SP-Flash-Tool.
El SP_MTD tiane la opción de flashear aparatos sin bateria. Creo que esta es la clave; de la que instala la rom carga la batería, poco, pero suficiente para que luego reconozca el cargador.
Entiendo que el problema inicial vino por no cerciorarme de que la batería tuviera carga suficiente antes de flashear.