Con la rom oficial no puedes ver la SD a traves del pc pero si deberias verla en la tablet, como comentas has flasheado la tablet , es decir que la SD te funciona perfectamente..personalmente nunca me ha fallado el USB pero como te comentan, algunas veces da problemas el puerto USB ..
Si quieres mi opinion, cambia la rom, instala esta:
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=257647 , te hace el montaje de la SD y puedes verla en el pc y en la tablet , aparte que esta rom la recomiendo por el motivo de que va muy pero que muy bien...
saludos.