Yo se poco de android, pero se algo de baterías.
El telf. compara los voltajes que mide de la batería que lleves con unos de referencia y así te muestra un porcentaje teórico de carga, esto funciona con la bat. de serie. El resto de bats. tienen curvas de descarga diferentes y mostraran valores de carga que seguramente no se corresponderan con la realidad.
De cualquier manera y marque el telf. lo que marque la bat. durará lo que tenga de carga, pues el telf. se suele apagar para protegerla sobre los 3.4v y el peligro real de daños por descarga aparace cuando bajamos de 3v.
Conclusión, estate tranquilo y usa las bats. que tengas, aunque las no originales seguramente mostraran % de bat. no reales.